พ.ศ. 2493 ขุนการัญสิกขภาร เริ่มมีโรคภัยเบียดเบียน ป่วยกระเสาะกระแสะด้วยโรคหัวใจ ไตพิการ และความดันโลหิตสูงเนื่องด้วยได้รับการรักษาพยาบาลอย่างดีจากนายแพทย์ และครอบครัว อาการก็ทุเลาขึ้นเล็กน้อย ครั้นใน พ.ศ. 2494 อาการโรคกำเริบขึ้นอีกถึงกับต้องมารักษาตัวที่โรงพยาบาลศิริราช อาการก็ดีขึ้น อยู่โรงพยาบาลประมาณ 20 วันก็กลับบ้านได้ ต่อมาอีก 2 ปี โรคกำเริบขึ้นอีก จนถึงแก่กรรมด้วยอาการอันสงบที่โรงพยาบาลมิชชั่น จังหวัดพระนคร เมื่อวันที่ 5 สิงหาคม พ.ศ. 2499 เวลา 13.30 น. รวมอายุได้ 67 ปี 11 เดือน 3 วัน